Die Funktionsliste ist selten das Problem. Interessanter ist, wo der Standard endet und was das für dein Projekt bedeutet.

Vertrieb und Einkauf, Lager und Bestandsführung, Fertigung mit Stücklisten und Arbeitsplänen, Projekte mit Zeiterfassung, Buchhaltung, CRM und Personal. Diese Bereiche sind keine Zusatzmodule, sondern Teil des Systems, und sie greifen ineinander, weil sie auf denselben Stammdaten liegen.
Du musst sie nicht alle aktivieren. Üblich ist, mit dem Bereich zu starten, in dem heute die meisten Zahlen wegbrechen.
Eigene Felder, eigene Druckvorlagen, eigene Workflows und Berechtigungen sind Konfiguration. Sie brauchen keinen Code, überstehen Updates und sind der Grund, warum ERPNext sich an viele Betriebe biegen lässt, ohne dass ein Entwickler anfängt.
Wenn ein Ablauf für deinen Betrieb wirklich eigen ist, ist eine saubere Frappe-App besser als ein verbogener Standardprozess. Der Unterschied zeigt sich beim nächsten Update: eine eigene App bleibt getrennt und wartbar, ein überdehnter Standard nicht.
Branchenspezifische Sonderlogik, sehr große Konzernstrukturen mit vielen Gesellschaften und tief integrierte Speziallösungen sind die Stellen, an denen ERPNext Aufwand kostet. Das gehört vor die Entscheidung, nicht danach.